قضى محمد علي باشا حاكم مصر خلال الفترة من عام 1805 وحتى عام 1848، على العديد من مظاهر التفرقة والتمييز التي كانت سائدة بين أقباط مصر ومسلميها؛ إذ عمد إلى تطبيق المساواة التامة بين المسلمين والأقباط في الحقوق والواجبات؛ عبر تعيين أقباط مأمورين (وظيفة توازي منصب المحافظ) لمراكز برديس والفشن بالوجه القبلي وديرمواس وبهجورة والشرقية، كما ألغى محمد علي قيد الزي الذي كان مفروضاً على المصريين الأقباط سابقاً، وألغى أيضاً كل القيود التي كانت تفرض على ممارستهم طقوسهم الدينية؛ ولم يرفض أي طلب تقدموا به لبناء أو إصلاح الكنائس، كما أنه يعد أول حاكم مسلم يمنح الموظفين المصريين الأقباط رتبة البكوية، بحسب ما جاء في كتاب الأقباط في السياسة المصرية، لكاتبه الدكتور مصطفى الفقي.